19.10.2017 Научно-практический семинар: «Суперкомпьютерные решения для задач в области геномики и биоинформатики»

Аннотация семинара:

Семинар ориентирован на исследователей и преподавателей, работающих над задачами в области геномики и биоинформатики, а также над разработкой алгоритмов и программного обеспечения для этих задач. Материал семинара будет безусловно полезен студентам и аспирантам профильных специальностей. Семинар подготовлен совместными усилиями представителей СПбГУ, академических организаций, вузов и ИТ-компаний.

Journal of Molecular Structure Volume 1146, 15 October 2017, Pages 554–561

Anastasiia M. Afanasenko, Dina V. Boyarskaya, Irina A. Boyarskaya, Tatiana G. Chulkova, Yakov M. Grigoriev, Ilya E. Kolesnikov, Margarita S. Avdontceva, Taras L. Panikorovskii, Andrej I. Panin, Anatoly N. Vereshchagin, Michail N. Elinson

Structures and photophysical properties of 3,4-diaryl-1H-pyrrol-2,5- diimines and 2,3-diarylmaleimides

Journal of Molecular Structure Volume 1146, 15 October 2017, Pages 554–561

DOI: 10.1016/j.molstruc.2017.06.048

news100

Structural features of 3,4-diaryl-1H-pyrrol-2,5-diimines and their derivatives have been studied by molecular spectroscopy techniques, single-crystal X-ray diffraction, and DFT calculations. According to the theoretical calculations, the diimino tautomeric form of 3,4-diaryl-1H-pyrrol-2,5-diimines is more stable in solution than the imino-enamino form. We also found that the structurally related 2,3-diarylmaleimides exist in the solid state in the dimeric diketo form. 3,4-Diaryl-1H-pyrrol-2,5-diimines and 2,3-diarylmaleimides exhibit fluorescence in the blue region of the visible spectrum. The fluorescence spectra have large Stokes shifts. Aryl substituents at the 3,4-positions of 1H-pyrrol-2,5-diimine do not significantly affect fluorescence properties. The insertion of donor substituents into 2,3-diarylmaleimides leads to bathochromic shift of emission bands with hyperchromic effect.

Tsitologiya Volume 59, Issue 10, Pages 662–668

V. A. Kulichkova, A.V. Selenina, A. N. Tomilin, A.S. Tsimokha

ESTABLISHMENT OF A HELA CELL LINE, STABLY EXPRESSING EXOSOME MARKER CD63 FUSED WITH THE FLUORESCENT PROTEIN TagRFP AND HTBH TAG

Tsitologiya Volume 59, Issue 10, Pages 662–668

Экзосомы - микроскопические внеклеточные везикулы диаметром 30-100 нм, выделяемые в межклеточное пространство различными клетками млекопитающих. Эти везикулы обнаруживаются в большом количестве в сыворотке крови и других внеклеточных жидкостях организмов и содержат большой набор разнообразных белков, мРНК и микроРНК. Экзосомы участвуют в межклеточной коммуникации, секреции белков, иммунном ответе, а также вовлечены в развитие нейродегенеративных и онкологических заболеваний. Механизмы, с помощью которых они выходят или поступают в клетки, недостаточно изучены. В настоящей работе создана стабильная клеточная линия на основе клеток аденокарциномы шейки матки человека HeLa, экспрессирующая маркер экзосом, тетраспанин CD63, слитый с красным флуоресцентным белком TagRFP и последовательностью HTBH. Полученная линия клеток HeLa, экспрессирующая белок CD63-TagRFP-HTBH, позволит наблюдать за транспортом экзосом прижизненно.

05.10.2017 Больше возможностей для пользователей РЦ ВЦ с новым ПО.

Уважаемые пользователи РЦ ВЦ!

В РЦ "Вычислительный центр СПбГУ" производятся работы по обновлению прикладного ПО.

С сегодняшнего дня для наших пользователей становятся доступны в штатном режиме пакеты
Mathematica в версии 11.2 и Gaussiаn в версии 16, Revision A.03

Ссылки на сайты производителей ПО, на которых вы можете более подробно ознакомиться с возможностями программных комплексов:

   WOLFRAM MATHEMATICA        Gaussian  

05.10.2017 Больше возможностей для пользователей РЦ ВЦ с новым ПО.

Уважаемые пользователи РЦ ВЦ!
В РЦ "Вычислительный центр СПбГУ" производятся работы по обновлению прикладного ПО.
С сегодняшнего дня для наших пользователей становятся доступны в штатном режиме пакеты
Mathematica в версии 11.2 и Gaussiаn в версии 16, Revision A.03

Ссылки на сайты производителей ПО, на которых вы можете более подробно ознакомиться с возможностями программных комплексов:WOLFRAM MATHEMATICA  и Gaussian.