Масс-спектрометрия MALDI (лазерная десорбции / ионизация в присутствии вспомогательного вещества – матрицы) позволяет решать комплексные задачи протеомики, дополняя имеющееся оборудование для жидкостной хромато-масс-спектрометрии. Прибор позволяет исследовать очень большие белки, до 300 кДа; использовать стандартный bottom-up подход, определяя значения масс пептидов после проведения специфического протеолиза; повышать достоверность идентификации белков, получая спектры фрагментации отдельных пептидов; использовать top-down подход для получения информации о C и N концевых остатках аминокислот интактного белка; выявлять пост-трансляционные модификации с определением их природы и места ковалентного связывания. Уникальной особенностью приборя является возможность использования метода MALDI молекулярной визуализации, который сразу был окрещён методом "молекулярной гистологии". Суть метода заключается в специальной подготовке среза изготовленного на криостатирующем микротоме для последующего его использования в МАЛДИ-массспектрометрии. Масс-спектрометр последовательно получает спектрограмму для каждой точки препарата (с разрешением до 50 мкм), которая отражает весь набор присутствующих в данной точке веществ, сохраняя, таким образом, информацию как о локализации биомаркера, так и о его природе.

 

Прибор может быть использован для:

  • • De-novo секвенирования белков используя bottom-up и top-down подходы,
  • • ресеквенирования белков,
  • • анализа сложных пептидных смесей,
  • • анализа посттрансляционных изменений белков используя bottom-up и top-down подходы,
  • • анализа чистоты олигонуклеотидов,
  • • тканевой матрично-активированной лазерной десорбционно / ионизационной молекулярной визуализации (MALDI-imaging),
  • • оценки липидома, в том числе и после разделения смеси методом тонкоплёночной хроматографии (TLC-MALDI),
  • • определения составляющих многокомпонентных смесей с использованием баз данных,
  • • двухмерной нано-ВЭЖХ хроматографии – масс-спектрометрии (LC-MALDI).

Размещение: Петергофская площадка.

Статус: эксплуатация в рабочем режиме.

 bruker-ultraflextreme.jpg

Основные технические характеристики

• Тандемный времяпролетный масс-спектрометр с матричной лазерной десорбцией / ионизацией (MALDI-TOF/TOF).
• Режимы работы – линейный, отражательный, тандемный (TOF/TOF).
• Режим лазерной (LID) и ударной (CID) диссоциации ионов. 
• Система напуска аргона в ячейку соударений для работы в режиме ударной диссоциации ионов (CID).
• Возможность TOF / TOF-анализа фрагментов ионов, образующихся в результате распада ионов в источнике (ISD). 

Требования к образцам

Требования к образцам для идентификации белка по базам.
Образцы должны быть очищены и обессолены, например, с использованием ZipTips C18 (для пептидов) и ZipTips C4 (для белков).
При пробоподготовке следует избегать использование полимерных детергентов (Tween 20, Tween 80, Triton-X 100).
Следует избегать использования силанизированных пробирок (Low-bind tubes).
В случае самостоятельного протеолиза необходимо предоставить описания протеазы, которая использовалась в процессе пробоподготовки.
В случае самостоятельного проведения протеолиза пятна из геля (in-gel digestion) необходимо предоставить протокол отмывания от красителя (destaning) и "пустую пробу", приготовленную из пустого участка геля по тому же протоколу, что и образец.
Необходимо, чтобы исследуемый белок был из организма, имеющего полный сиквенс, представленный в базе SwissProt, NCBI. 
Требования для top-down секвенирования белка – чистота белка в пробе должна быть выше 85%.
Требования для TLC-MALDI.
Требования для МАЛДИ-визуализации.
Требования для LC-MALDI.