Для изучения микроорганизмов используются, преимущественно, прижизненные методики, которые предполагают использование прямых и инвертированных световых микроскопов, снабженных различными системами для усиления оптического контраста. В общем случае, при изучении объектов при помощи светового микроскопа, пучок света от осветителя, фокусируемый при помощи конденсора, проходит через объект, после чего изображение формируется объективом и дополнительно увеличивается окуляром, черезкоторый изображение проецируется на сетчатку глаза или матрицу цифровой камеры. При изучении клеток непосредственно в культуре используют инвертированные микроскопы, в которых источник света располагается над объектом, а объектив – под ним, что позволяет рассматривать содержимоекультуральных сосудов сквозь их дно. Это позволяет изучать минимально потревоженные клетки в естественной для них среде. Однако разрешение при таких исследованиях остается не очень высоким, поскольку максимальное увеличение используемых объективов составляет 40-63.

Для достижения максимального разрешения используют прямые световые микроскопы. Объект в этом случае помещается на предметное/покровное стекло.

Для усиления оптического контраста прозрачных живых объектов используются методы фазового контраста, дифференциального интерференционного (Номарского) иинтеграционного модуляционного (Хофмановского) контраста. Они основаны на вычленении информации из разности фаз между световыми волнами, прошедшими сквозь объект, и волнами, не прошедшими сквозь объект. За счет интерференции волн образуется картина распределения яркостей, что и обеспечивает оптический контраст. 

Литература:

Frits Zernike (1942). "Phase contrast, a new method for the microscopic observation of transparent objects part I". Physica 9 (7): 686–698.

Frits Zernike (1942). "Phase contrast, a new method for the microscopic observation of transparent objects part II". Physica 9 (10): 974–980.

Роскин Г.И., Левинсон Л.Б. Микроскопическая техника3 изд. – М.: Советская наука, 1957. – 476 с. 

Murphy, D. (2001) Differential interference contrast (DIC) microscopy and modulation contrast microscopy, in Fundamentals of Light Microscopy and Digital Imaging, Wiley-Liss, New York, pp. 153–168 (2001).