Ресурсный центр "Культивирование микроорганизмов" предоставляет оборудование и квалифицированный технический персонал для поддержания живых культур эукариотических микроорганизмов, цианобактерий и мелких водных беспозвоночных. "Ядро" центра составляют три крупных коллекции культур, созданных в Санкт-Петербургском государственном университете многолетними усилиями ряда известнейших специалистов и научных коллективов:
- • коллекция культур цианобактерий, водорослей и паразитов водорослей (CALU, Collection of Algae of Leningrad University), созданная в лаборатории Микробиологии (около 1500 штаммов);
- • коллекция культур симбионтсодержащих инфузорий лаборатории Кариологии одноклеточных организмов (около 4500 штаммов);
- • быстро развивающаяся коллекция культур гетеротрофных протистов кафедры зоологии беспозвоночных (около 400 штаммов).
- • коллекция гетеротрофных протистов РЦ "Культивирование микроорганизмов"(около 400 клонов).
Текущие планы использования возможностей РЦ предусматривают поддержание еще 6 коллекций меньшего масштаба (общей численностью порядка 1000 штаммов разных групп протистов); возможности РЦ позволяют расширить коллекционную базу еще примерно на 30%. Планируется создание возможностей для поддержания протистов и мелких беспозвоночных животных в системе аэрируемых микроаквариумов, что позволит также создавать коллекции микрокосмов для долговременного изучения проб из удаленных местообитаний. РЦ «Культивирование микроорганизмов» в перспективе должен стать крупнейшим центром коллекций культур микроорганизмов в Восточной Европе.
Проект РЦ разработан на основе изучения опыта работы ведущих мировых коллекций культур – CCAP (Culture Collection of Algae and Protozoa, UK) и ATCC (American Type Culture Collection). Основой РЦ являются шесть термостатированных комнат для хранения культур с возможностью индивидуального программирования температурного режима, влажности и режима освещенности. Система климат-контроля этих комнат имеет трехкратное резервирование (при выходе из строя любого из ее агрегатов из работы выводятся не более двух комнат из шести), что обеспечивает надежное хранение коллекций. Рабочие комнаты РЦ оснащены всем необходимым оборудованием для поддержания, пересева, кормления, очистки и иных операций, необходимых для сохранения различных культур. К такому оборудованию относятся ламинарные и вытяжные шкафы, климатические камеры, холодовые шкафы, высококачественные рабочие бинокуляры Leica M125C с эффектом косого объемного освещения, инвертированные микроскопы Nikon TMS100 и прямые Leica DM2500, оснащенные фазовым контрастом и контрастом Номарского, шейкеры-инкубаторы, центрифуги различных типов, рассчитанные на самые разные (в том числе большие) объемы обрабатываемого материала.
Одной из основных проблем, возникающих при работе с живыми организмами, является сложность их транспортировки в лаборатории и иные ресурсные центры для исследований. Поэтому РЦ предоставляет технические возможности и оборудование для исследования живого материала основными методами световой микроскопии. К этому оборудованию относятся высококачественный бинокуляр Leica M205C (увеличение до 256х, трансфокатор, отраженный и проходящий свет), инвертированный микроскоп Leica DMI3000, оснащенный оптикой для работы по методу фазового контраста и интерференционного модуляционного контраста ("Номарский в чашках Петри") и Leica DMI 2500, оснащенный флюоресцентным модулем и высокоапертурными объективами. Все приборы оснащены цифровыми фотокамерами Leica DFC490, позволяющими получать высококачественные изображения в самых разных режимах, и обслуживаются программой Leica Application Suite с богатым набором модулей для исследования и документирования получаемого изображения. В составе РЦ имеется специальная комната для выполнения цитохимических исследований, фиксации материала для электронной микроскопии, а также комната для выполнения базовых молекулярных исследований (выделение ДНК и РНК, проведение ПЦР, анализ и очистка ПЦР-продуктов, гибридизация нуклеиновых кислот, высушивание ампликонов и проб ДНК). Предусмотрены морозильники для хранения коллекций ДНК и возможность использования жидкого азота для криоконсервации и временного криохранения культур.
Методики культивирования микроорганизмов.
- Культивирование инфузорий рода Paramecium.
- Культивирование различных гетеротрофных протистов.
- Культивирование крупных лобозных амеб ("proteus-like").
- Культивирование микроскопических зеленых водорослей и цианобактерий коллекции CALU.
- Методика выведения клонов парамеций из природных популяций.
- Методика обогащающего культивирования и выделения клонов голых лобозных амеб из природных водных сообществ (качественные пробы).
- Методика инфекции инфузорий рода Paramecium бактериями рода Holospora.
- Методика тестирования бактерицидной и бактериостатической активности различных веществ.
Методики светомикроскопических исследований для изучения микроорганизмов (прямые и инвертированные микроскопы, методы фазового контраста, дифференциального интерференционного (Номарского) и интеграционного модуляционного (Хофмановского) контраста.
Методики пробоподготовки.
- Приготовление тотальных препаратов.
- Окраска препаратов:
- Железный гематоксилин Гейденгайна.
- Окрашивание нуклеиновых кислот по Фельгену.
- Фиксация образцов для электронной микроскопии.
- Методики молекулярно-биологических исследований.
- Выделение тотальной ДНК из культуры гуанидиновым методом.
- Амплификация фрагментов генома с помощью ПЦР
- Амплификация ДНК-маркеров из изучаемых организмов без выделения ДНК с использованием метода single-cellPCR.
- Очистка ПЦР-продуктов из реакционных смесей
- - Очистка продуктов ПЦР на колонке без выделения из геля.
- - Очистка продуктов ПЦР на колонке из агарозного геля.
Регламент работы РЦ "Культивирование микроорганизмов".
