Benjamin Koeppe, Erik T. J. Nibbering, Peter M. Tolstoy

«NMR and FT-IR studies on the association of derivatives of thymidine, adenosine, and 6-N-methyl-adenosine in aprotic solvents»

Z. Phys. Chem. 2013, accepted.

Abstract:
Associates of 3’,5’-O-TBDMS protected derivatives of deoxynucleosides adenosine, 6-N-methyl-adenosine and thymidine (henceforward simply addressed by their parents’ names) and further model systems in dichloromethane and Freon (CDClF2/CDF3) solu-tions are studied at low temperatures by 1H NMR and FT-IR spectroscopy. N…N distances in hydrogen bonds are estimated from chemical shifts of protons in hydrogen bonds employing geometric and spectroscopic hydrogen bond correlations. These distances are in turn employed to derive NH stretching frequencies from IR spectroscopic hydrogen bond correlations which may be compared to corresponding experimental results. Three isomeric hydrogen bonded dimers of thymidine are characterized in Freon solution at 120 K. Binary associates of thymidine and a series of pyridines are studied; estimated N…N distances in the range of 3.08 to 2.85 Å are qualitatively correlated to shifts of NH stretching bands where in all cases considerable contributions are found in the spectral region below 3000 cm-1. For adenosine, three isomeric binary associates with 4-nitrophenol are found allowing for an assessment of site-specific acceptor capabilities. In associates of thymidine and adenosine, Watson-Crick and Hoogsteen type 1:1 associates (estimated N…N distances of 2.85 and 2.90 Å) as well as 2:1 associates bearing only marginally longer (i.e. weaker) H-bonds could be characterized. Two 1:1 associates between thymidine and 6-N-methyl-adenosine are desctibed that are exclusively bonded via NH…N bridges of about 2.97 and 3.08 Å for Watson-Crick and Hoogsteen sites, respectively, which leads to the conclusion that cooperative effects among coupled NH…O and NH…N hydrogen bonds in A-T base pairs are significant as formation of the NH…O bond induces a contraction of around 0.15 Å in the neighboring NH…N bond.

Состоялся доклад Нильса Соргенфрая, аспиранта из университета Регенсбурга, Германия.

С 13 по 17 мая будет проходить цикл лекции по использованию пакета Materials Studio.

Лекции будут читаться представителем компании Accelrys Яковом Гавартиным.

Лекции будут проходить на химическом факультете:

13.05.2013 в аудитории 03 начало в 15-15

14.05.2013 в аудитории 02 начало в 15-15

В остальные дни - по согласованию с лектором.

Контактное лицо:

Андрей Витальевич Петров: Адрес электронной почты защищен от спам-ботов. Для просмотра адреса в браузере должен быть включен Javascript.

С 14 по 27 апреля в рамках проекта «Атмосферные углеродсодержащие аэрозоли как элемент климатической системы зоны бореальных лесов Сибири»  состоялась командировка инженеров РЦ «Геомодель» Небосько Е.Ю. и Миронова Г.Н.  в научную обсерваторию  «Станция высотной мачты ZOTTO»  с целью отбора атмосферных аэрозольных проб. С более подробной информацией о командировке можно ознакомиться здесь.

Сотрудники ресурсного центра Поволоцкий А.В. и Колесников И.Е. приняли участие в выставке «Итоги реализации федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса Российской Федерации на 2007-2013 годы» (25-27 апреля) в г. Москва. Поволоцкий А.В. выступил с докладом «Разработка метода синтеза нанокристаллических люминесцентных меток для визуализации молекулярных маркеров в клетках и тканях» на пленарном заседании.