Прибор предназначен для проведения высокопроизводительного секвенирования нуклеиновых кислот (NGS секвенирования).
Производитель: Illumina, США.
Cайт: http://www.illumina.com/systems/hiseq_2500_1500.html
1. Основные характеристики
Illumina HiSeq 2500 мощная и эффективная высокопроизводительная система для секвенирования, которая поддерживает широчайшее разнообразие прикладных задач и исследования любых объемов. Непревзойденное качество прочтений, получаемое секвенированием методом синтеза (SBS), сделало HiSeq 2500 инструментом выбора для всех геномных центров и ведущих институтов по всему миру. Новый набор реагентов HiSeq v4 позволяет большее количество прочтений за меньшее время.
Illumina HiSeq 2500 имеет два вида запуска: короткий (rapid run) и длинный (high output run), а также возможность читать две проточные ячейки одновременно. Выбор между коротким и длинным запусками зависит от целей проекта. Новый набор реагентов для длинного запуска HiSeq v4 генерирует до 1 Tb данных при запуске двух ячеек, позволяя секвенировать большое количество образцов одновременно, в то время как короткий запуск позволяет читать до 2x250 баз.
Система HiSeq 2500 использует секвенирование методом синтеза (SBS), самую успешную и широко используемую технологию секвенирования нового поколения. Технология SBS поддерживает массово-параллельное секвенирование, используя метод флуоресцентно-меченных нуклеотидов, который позволяет прочтение отдельных оснований, по мере их включения в растущие нити ДНК.
Секвенирование нового поколения может использоваться для следующих задач:
- • полногеномное секвенирование («de novo» секвенирование);
- • ресеквенирование геномов или его отдельных участков для выявления полиморфизмов и мутаций;
- • секвенирование экзомов;
- • секвенирование транскриптомов для анализа профиля экспрессии клеток;
- • анализ метагенома;
- • изучение взаимодействия ДНК с протеинами и экспрессией генов, используя Chip-Seq;
- • анализ эпигенетических модификаций ДНК, например профиля метилирования.
Общая производительность (при запуске одной проточной ячейки):
|
Версия реагентов |
High Output TruSeq v3 |
High Output HiSeq v4 |
Rupid Run HiSeq Rapid v2 |
|
Количество чтений, млн |
до 1500 |
до 2000 |
до 300 |
|
Максимальная длина чтения |
2x100 |
2x125 |
2x250 |
|
Максимальная производительность, Gb |
270-300 |
450-500 |
125-150 |
Время работы (генерирование кластеров)
|
Версия реактивов |
Время, ч |
|
High Output, v3 (cBot) |
5 |
|
High Output, v4 (cBot) |
3 |
|
Rapid Run (HiSeq on-board) |
1,5 |
Время работы (секвенирование)
|
Длина прочтения |
High Output v3 |
High Output v4 |
Rapid Run |
|
1x36 |
2 дня |
29 часов |
7 часов |
|
2x50 |
5,5 дней |
2,5 дня |
16 часов |
|
2x100 |
11 дней |
5 дней |
27 часов |
|
2x125 |
--- |
6 дней |
33 часа |
|
2x150 |
--- |
--- |
40 часов |
|
2x250 |
--- |
--- |
60 часов |
2. Дополнительное оборудование
cBot System для автоматического генерирования кластеров.
Флуориметр Quantus для измерения концентрации библиотек.
Система капиллярного гель – электрофореза QIAxcel для проверки распределения размера фрагментов библиотек.
3. Расходные материалы
Перечень наборов для генерации кластеров:
|
GD-401-4001 |
HiSeq SR (Single Read) Cluster Kit v4 - cBot |
|
PE-401-4001 |
HiSeq PE (Paired-End) Cluster Kit v4 – cBot |
|
GD-401-3001 |
TruSeq SR (Single Read) Cluster Kit v3 - cBot - HS |
|
PE-401-3001 |
TruSeq PE (Paired-End) Cluster Kit v3 - cBot - HS |
|
GD-402-4002 |
HiSeq Rapid SR (Single Read) Cluster Kit v2 |
|
PE-402-4002 |
HiSeq Rapid PE (Paired-End) Cluster Kit v2 |
Перечень наборов для секвенирования:
|
FC-401-4003 |
HiSeq SBS Kit v4 (250 cycles) |
|
FC-401-4002 |
HiSeq SBS Kit v4 (50 cycles) |
|
FC-401-3001 |
TruSeq SBS Kit v3 - HS (200-cycles) |
|
FC-401-3002 |
TruSeq SBS Kit v3 - HS (50-cycles) |
|
FC-402-4023 |
HiSeq Rapid SBS Kit v2 (500 Cycle) |
|
FC-402-4021 |
HiSeq Rapid SBS Kit v2 (200 Cycle) |
|
FC-402-4022 |
HiSeq Rapid SBS Kit v2 (50 Cycle) |
