На Василеостровской площадке центра установлен конфокальный микроскоп по технологии Spinning-disc (диск Нипкова)  Zeiss Cell Observer SD . Установленный микроскоп является инструментом выбора для приложений, имеющих дело с изучением быстро протекающих процессов внутри живых клеток. В отличие от сканирующей лазерной конфокальной микроскопии, конфокальный микроскоп на основе диска Нипкова позволяет достичь высоких скоростей сканирования с приемлимым контрастом и минимальной фототоксичностью в обмен на определённую потерю в разрешении и необходимость использования тонких (~20-30 мкм) препаратов.