Прибор предназначен для проведения высокопроизводительного секвенирования нуклеиновых кислот (NGS секвенирования).


  

Производитель: Illumina, США.

Cайт: http://www.illumina.com/systems/hiseq_2500_1500.html

Статус: введено в эксплуатацию.

1. Основные характеристики

Illumina HiSeq 2500 мощная и эффективная высокопроизводительная система для секвенирования, которая поддерживает широчайшее разнообразие прикладных задач и исследования любых объемов. Непревзойденное качество прочтений, получаемое секвенированием методом синтеза (SBS), сделало HiSeq 2500 инструментом выбора для всех геномных центров и ведущих институтов по всему миру. Новый набор реагентов HiSeq v4 позволяет большее количество прочтений за меньшее время.

Illumina HiSeq 2500 имеет два вида запуска: короткий (rapid run) и длинный (high output run), а также возможность читать две проточные ячейки одновременно. Выбор между коротким и длинным запусками зависит от целей проекта. Новый набор реагентов для длинного запуска HiSeq v4 генерирует до 1 ­Tb данных при запуске двух ячеек, позволяя секвенировать большое количество образцов одновременно, в то время как короткий запуск позволяет читать до 2x250 баз.

Система HiSeq 2500 использует секвенирование методом синтеза (SBS), самую успешную и широко используемую технологию секвенирования нового поколения. Технология SBS поддерживает массово-параллельное секвенирование, используя метод флуоресцентно-меченных нуклеотидов, который позволяет прочтение отдельных оснований, по мере их включения в растущие нити ДНК.

Секвенирование нового поколения может использоваться для следующих задач:

  • • полногеномное секвенирование («de novo» секвенирование);
  • • ресеквенирование геномов или его отдельных участков для выявления полиморфизмов и мутаций;
  • • секвенирование экзомов;
  • • секвенирование транскриптомов для анализа профиля экспрессии клеток;
  • • анализ метагенома;
  • • изучение взаимодействия ДНК с протеинами и экспрессией генов, используя Chip-Seq;
  • • анализ эпигенетических модификаций ДНК, например профиля метилирования.

Общая производительность (при запуске одной проточной ячейки):

Версия реагентов

High Output

TruSeq v3

High Output

HiSeq v4

Rupid Run

HiSeq Rapid v2

Количество чтений, млн

до 1500

до 2000

до 300

Максимальная длина чтения

2x100

2x125

2x250

Максимальная производительность, Gb

270-300

450-500

125-150

Время работы (генерирование кластеров)

Версия реактивов

Время, ч

High Output, v3 (cBot)

5

High Output, v4 (cBot)

3

Rapid Run (HiSeq on-board)

1,5

Время работы (секвенирование)

Длина прочтения

High Output  v3

High Output v4

Rapid Run

1x36

2 дня

29 часов

7 часов

2x50

5,5 дней

2,5 дня

16 часов

2x100

11 дней

5 дней

27 часов

2x125

---

6 дней

33 часа

2x150

---

---

40 часов

2x250

---

---

60 часов

2. Дополнительное оборудование

cBot System для автоматического генерирования кластеров.

Флуориметр Quantus для измерения концентрации библиотек.

Система капиллярного гель – электрофореза QIAxcel для проверки распределения размера фрагментов библиотек.

3. Расходные материалы

Перечень наборов для генерации кластеров:

GD-401-4001

HiSeq SR  (Single Read) Cluster Kit v4 - cBot

PE-401-4001

HiSeq PE (Paired-End) Cluster Kit v4 – cBot

GD-401-3001

TruSeq SR  (Single Read) Cluster Kit v3 - cBot - HS

PE-401-3001

TruSeq PE (Paired-End) Cluster Kit v3 - cBot - HS

GD-402-4002

HiSeq Rapid SR (Single Read)  Cluster Kit v2

PE-402-4002

HiSeq Rapid PE (Paired-End) Cluster Kit v2

Перечень наборов для секвенирования:

FC-401-4003

HiSeq SBS Kit v4 (250 cycles)

FC-401-4002

HiSeq SBS Kit v4 (50 cycles)

FC-401-3001

TruSeq SBS Kit v3 - HS (200-cycles)

FC-401-3002

TruSeq SBS Kit v3 - HS (50-cycles)

FC-402-4023

HiSeq Rapid SBS Kit v2 (500 Cycle)

FC-402-4021

HiSeq Rapid SBS Kit v2 (200 Cycle)

FC-402-4022

HiSeq Rapid SBS Kit v2 (50 Cycle)