Печать

На базе РЦ ВЦ Научного парка СПбГУ развернут новый информационный сервис для оценки качества геномных сборок.

В основе сервиса - популярный пакет QUAST http://cab.cc.spbu.ru/quast/

Программный пакет QUAST предназначен для оценки качества геномных сборок. QUAST вычисляет более 50 параметров качества описывающих корректность (correctness), протяженность (contiguity), полноту (completeness) геномных последовательностей и загрязненность (contamination) анализируемых данных геномного сиквенса. QUAST может обрабатывать как сборки модельных организмов с известной референсной последовательностью, так и геномные сборки организмов, секвенированных впервые. Программный пакет позволяет одновременно анализировать неограниченное число сборок, что делает его удобным инструментов для сравнения геномных последовательностей и выбора наиболее подходящей для конкретного эксперимента. Итоговые отчеты QUAST включают в себя как числовые показатели качества так и множество интерактивных графиков.

На сегодняшний день QUAST является ведущей программой для оценки качества геномных сборок, используемой в более чем 100 странах мира и скачанной более 150 тысяч раз (с момента старта проекта в 2012 году). По данным сервиса Google Scholar, статья о QUAST (Gurevich et al, Bioinformatics 2013) была процитирована более двух тысяч раз, что делает её одной из самых востребованных российских научных статей за последнее десятилетие.