Лазерная сканирующая конфокальная микроскопия с использованием микроскопа Leica TCS SP5 оборудованного резонансным сканером. Позволяет сканировать быстродвижущиеся объекты и детектировать динамику макромолекул; спектральное лямбда-сканирование с шагом длины волны 5 нм позволяет точно снимать спектр эмиссии флуорофора или автофлуоресценции.

Световая и флуоресцентная микроскопия высокого разрешения с использованием сканирующего микроскопа Leica TCS SP5, автоматизированных флуоресцентных микроскопов Leica, оборудованных высокоразрешающими монохромными и цветными цифровыми камерами высокого разрешения, наборами блоков фильтров для широкого спектра флуорофоров и оптикой для использования методов фазового и дифференциально-интерференционного контраста. 

Методы электронной микроскопии с использованием трансмиссионного электронного микроскопа Tesla BS-500, приборов для изготовления ультратонких срезов и стеклянных ножей.

Методы молекулярной и клеточной биологии для пробоподготовки с использованием комплекса оборудования, такого как центрифуги, приборы для гель-электрофореза, документации гелей, термоциклера, гибридизера, микроинъектора Nanoject II, спектрофотометра, ламинарных боксов и криотома-криостата.

Методы программной обработки графических изображений результатов микроскопии на основе специализированного ПО для анализа биологических изображений Bitplane Imaris, Autoquant X3, Huygens Professional: трехмерная реконструкция, деконволюция и статистический анализ изображений.