Генетический анализатор ABI Prism 3500xl представляет собой автоматический 24-капиллярный секвенатор, который может быть использован для различных приложений, требующих определения нуклеотидной последовательности и анализа размера и относительного количества фрагментов ДНК. Может применяться для сравнительного секвенирования, для обнаружения и подтверждения наличия мутаций и SNP, STR-, AFLP- и SSCP-анализов.

Размещение: петергофская площадка

Статус: эксплуатация в рабочем режиме

abi-prism-3500xl.jpg

 

Основные технические характеристики

Число капилляров 24 
Длина капилляров (см) 36 или 50
Тип полимера POP-4™, POP-6™, POP-7™
Количество одновременно детектируемых 
 флюоресцентных меток (длина волны испускания)
5 (525 – 650 нм)
Длина прочтения более 850 нуклеотидов
Производительность прибора 1272 форезов за сутки при использовании короткого капилляра и полимера POP-7 

Принцип работы

     Определение нуклеотидной последовательности основано на методе Сэнджера. Продукты ферментативной реакции секвенирования, флуоресцентно меченные дидезоксинуклеотидами, разделяются с помощью капиллярного электрофореза. При достижении полинуклеотидами детекционного окна в капилляре происходит возбуждение лазером флуоресцентной метки и детекция испущенной флуоресценции CCD-камерой. Программное обеспечение анализирует полученные сигналы (хроматограммы) и определяет последовательность нуклеотидов. 

     При анализе фрагментов ДНК каждый образец, представляющий собой смесь фрагментов, метится определенным флюоресцентным красителем. Затем четыре образца смешиваются с меченным стандартом длин, и на основании полученных хроматограмм программное обеспечение вычисляет размер и относительное количество фрагментов ДНК в образцах. 

Методики

Вся необходимая информация по подготовке материала для секвенирования, проведению реакции секвенирования и интерпретации полученных результатов может быть найдена в руководстве «DNA Sequencing by Capillary Electrophoresis. Applied Biosystems Chemistry Guide». (cms_041003.pdf)

Информация, касающаяся проведения фрагментного анализа с помощью капиллярного секвенатора, содержится в руководстве «GeneScan® Reference Guide Chemistry Reference for the ABI PRISM® 3500xl Genetic Analyzer» (cms_040961.pdf)

Требования к образцам

     Для секвенирования принимаются образцы ДНК в виде плазмид или ПЦР-фрагментов. В случае ПЦР-фрагмента не должно быть видимой при электрофорезе в агарозном геле примеси нецелевых фрагментов, праймеров и геномной ДНК. Для секвенирования пригодны образцы ДНК, очищенные как с помощью различных «внутрилабораторных» методов, так и коммерческих наборов при условии растворения конечного препарата ДНК в воде. 

       Обязательным условием является определение концентрации ДНК с помощью спектрофотометра, флюориметра или электрофореза в агарозном геле. Количество ДНК для постановки реакции секвенирования рассчитывается исходя из типа матрицы, ее размера и концентрации. В случае плазмидной ДНК необходимо предоставить не менее 300 нг на каждую реакцию секвенирования с концентрацией ДНК не ниже 50 нг/мкл. В случае ПЦР-фрагментов необходимое количество ДНК на одну реакцию можно сосчитать, поделив размер фрагмента в п.н. на 25, при этом концентрация ДНК должна быть не ниже 10 нг/мкл, а объем не менее 5 мкл. 
       Праймеры для секвенирования должны иметь концентрацию 10 пикомоль/мкл, а их объем должен составлять N микролитров, где N – число реакций секвенирования, которое нужно поставить с данного праймера, но не менее 5 мкл.      Инструкции по подготовке образцов к каппиллярному секвенированию 
     Форма заявки на каппиллярное секвенирование

Дополнительно

  Результаты секвенирования в виде стандартных файлов формата *.ab1, названных в соответствии с заполненной заявкой на секвенирование (Ваши инициалы с датой заявки и порядковым номером «NS-ММ-ДД-###»), будут высланы на указанный в заявке адрес электронной почты. Файлы *.ab1 содержат как первичную («сырую», без «букв»), так и процессированную хроматограммы и могут быть открыты и проанализированы бесплатными программами Chromas Lite(http://www.technelysium.com.au/chromas_lite.html) или Sequence Scanner Software(https://products.appliedbiosystems.com/ab/en/US/adirect/ab?cmd=catNavigate2&catID=600583&tab=Overview).