Генетический анализатор ABI Prism 310 представляет собой автоматический однокапиллярный секвенатор, который может быть использован для различных приложений, требующих определения нуклеотидной последовательности и анализа размера и относительного количества фрагментов ДНК. Может применяться для сравнительного секвенирования, для обнаружения и подтверждения наличия мутаций и SNP, STR-, AFLP- и SSCP-анализов.

Размещение: Петергофская площадка.

Статус: эксплуатация в рабочем режиме.

abi-prism-310.jpg

 

Основные технические характеристики

Число капилляров
1
Длина капилляров (см)
47 или 61
Тип полимера
POP-4™, POP-6™
Количество образцов для нанесения
до 48 пробирок объемом 0.5 мл или
до 96 пробирок объемом 0.2 мл
Количество одновременно детектируемых флюоресцентных меток (длина волны испускания)
5 (525-650 нм)
Длина прочтения
600 нуклеотидов
Производительность прибора:
при стандартном секвенировании 
(длина капилляра 61 см, полимер POP-6™)
9 форезов в сутки по 580 нуклеотидов, 
5 220 нуклеотидов в сутки
при быстром секвенировании 
(длина капилляра 47 см, полимер POP-4™)
24 фореза в сутки по 380 нуклеотидов, 
9 120 нуклеотидов в сутки
при анализе фрагментов ДНК 
(длина капилляра 47 см, полимер POP-4™)
48 форезов в сутки с разделением фрагментов ДНК длиной до 250 нуклеотидов

 

Принцип работы

Определение нуклеотидной последовательности основано на методе Сэнджера. Продукты ферментативной реакции секвенирования, флуоресцентно меченные дидезоксинуклеотидами, разделяются с помощью капиллярного электрофореза. При достижении полинуклеотидами детекционного окна в капилляре происходит возбуждение лазером флуоресцентной метки и детекция испущенной флуоресценции CCD-камерой. Программное обеспечение анализирует полученные сигналы (хроматограммы) и определяет последовательность нуклеотидов. 
При анализе фрагментов ДНК каждый образец, представляющий собой смесь фрагментов, метится определенным флюоресцентным красителем. Затем четыре образца смешиваются с меченным стандартом длин, и на основании полученных хроматограмм программное обеспечение вычисляет размер и относительное количество фрагментов ДНК в образцах. 

Методики

Вся необходимая информация по подготовке материала для секвенирования, проведению реакции секвенирования и интерпретации полученных результатов может быть найдена в руководстве "DNA Sequencing by Capillary Electrophoresis. Applied Biosystems Chemistry Guide" (cms_041003.pdf).

Информация, касающаяся проведения фрагментного анализа с помощью капиллярного секвенатора, содержится в руководстве "GeneScan® Reference Guide Chemistry Reference for the ABI PRISM® 310 Genetic Analyzer" (cms_040961.pdf).

Требования к образцам

Для секвенирования принимаются образцы ДНК в виде плазмид или ПЦР-фрагментов. В случае ПЦР-фрагмента не должно быть видимой при электрофорезе в агарозном геле примеси нецелевых фрагментов, праймеров и геномной ДНК. Для секвенирования пригодны образцы ДНК, очищенные как с помощью различных "внутрилабораторных" методов, так и коммерческих наборов при условии растворения конечного препарата ДНК в воде. 

Обязательным условием является определение концентрации ДНК с помощью спектрофотометра, флюориметра или электрофореза в агарозном геле. Количество ДНК для постановки реакции секвенирования рассчитывается исходя из типа матрицы, ее размера и концентрации. В случае плазмидной ДНК необходимо предоставить не менее 300 нг на каждую реакцию секвенирования с концентрацией ДНК не ниже 50 нг/мкл. В случае ПЦР-фрагментов необходимое количество ДНК на одну реакцию можно сосчитать, поделив размер фрагмента в п.н. на 25, при этом концентрация ДНК должна быть не ниже 10 нг/мкл, а объем не менее 5 мкл. 
Праймеры для секвенирования должны иметь концентрацию 10 пикомоль/мкл, а их объем должен составлять N микролитров, где N – число реакций секвенирования, которое нужно поставить с данного праймера, но не менее 5 мкл.

Инструкции по подготовке образцов к капиллярному секвенированию.
Форма заявки на капиллярное секвенирование.

Дополнительно

Результаты секвенирования в виде стандартных файлов формата *.ab1, названных в соответствии с заполненной заявкой на секвенирование (Ваши инициалы с датой заявки и порядковым номером "NS-ММ-ДД-###"), будут высланы на указанный в заявке адрес электронной почты. Файлы *.ab1 содержат как первичную ("сырую", без "букв"), так и процессированную хроматограммы и могут быть открыты и проанализированы бесплатными программами Chromas Lite или Sequence Scanner Software.