Вниманию пользователей РЦ РМиКТ предлагается один из лидеров рынка секвенаторов следующего поколения, прибор Ion Torrent PGM (Life Technologies), основанный на системе полупроводникового секвенирования. К его основным преимуществам относят высокую скорость чтения (80-100 Mb/час) и наименьшую продолжительность одного запуска (~3 ч), по сравнению с приборами 454 GS Junior (Roche) и MiSeq (Illumina), а также низкую стоимость чтения. К недостаткам следует отнести сравнительно высокий уровень ошибок для одиночных нефильтрованных прочтений. Для прибора существуют чипы различной производительности, позволяющие варьировать глубиной прочтения от 10Мб до 1000 Mb, в зависимости от задач исследования (Loman, N. J. et al. Nature Biotechnol.  2012). Ion Torrent PGM рекомендован производителем для: 

 

      • Секвенирования небольших геномов

          • Сборки геномов de novo;

          • Картирования фрагментов ДНК на референсный геном при ресеквенировании;

      • Секвенирования наборов генов

      • Изучения экспрессии генов

      • Иммуно-преципитации хроматина с последующим секвенированием (ChIP-seq)

      • Выявления SNP (единичных полиморфизмов);

      • Изучения структурных вариаций (инсерций, делеций, повторов);

      • Анализа ампликонов;

      • Анализа результатов экспериментов ChIP-Seq (анализ взаимодействия белок-ДНК, хроматин-иммуноперципитация - секвенирование),

      • Анализа результатов экспериментов RNA-Seq (анализ транскриптома),

      • Анализа результатов экспериментов RIP-Seq (анализ взаимодействия белок-РНК, РНК-иммуноперципитация - секвенирование),

      • Анализа результатов экспериментов MeDIP (анализ метилирования ДНК).

Размещение: петергофская площадка

Статус: эксплуатация в рабочем режиме

Ion torrent.jpg

Основные технические характеристики

Чип Ожидаемое время секвенирования  

 

35 -нуклеотидные прочтения 100 -нуклеотидные прочтения 200 -нуклеотидные прочтения* 400 -нуклеотидные прочтения*
Ion 314™ Chip 0,5 ч 1,5 ч 2,4 ч 3,7 ч 
Ion 316™ Chip 0,7 ч 1,7 ч 3,1 ч 4,9 ч 
Ion 318™ Chip 0,9 ч 2,4 ч 4,5 ч 7,3 ч 
Чип Ожидаемый выход  
  35 -нуклеотидные прочтения 100 -нуклеотидные прочтения 200 -нуклеотидные прочтения* 400 -нуклеотидные прочтения*
Ion 314™ Chip 3 Mb 10 Mb 20 Mb 40 Мб 
Ion 316™ Chip 30 Mb 100 Mb 200 Mb 400 Мб 
Ion 318™ Chip 300 Mb 500 Mb до 1 GB до 2 Gb 

 

по данным http://ru-ru.invitrogen.com/site/ru/ru/home/Products-and-Services/Applications/Sequencing/Semiconductor-Sequencing/pgm/specifications.html

200-нуклеотидные прочтения возможны при использовании реагентов для двустороннего (paired-end) чтения; 300 и 400 нуклеотидные прочтения возможны при применении соответствующих наборов 

Дополнительно: 
Ссылка на сайт производителя

Принцип работы

     Простота и высокая скорость работы прибора обеспечивается за счёт того, что изменение pH при естественной реакции полимеризации сразу преобразуется в нуклеотидную последовательность. Ion Torrent™ не использует ферментативных каскадов, флуоресценции или хемилюминесценции, он не содержит оптических узлов. 
      В приборе используются микрочипы, содержащие высокоплотную матрицу микроячеек для биохимических реакций. Каждая ячейка имеет датчик ионов (pH-метр). В каждой ячейке проходит секвенирование одного молекулярного клона ДНК путём синтеза комплементарной цепи ДНК-полимеразой. При встраивании полимеразой нуклеотида в молекулу ДНК происходит высвобождение иона водорода. Изменение pH фиксируется датчиком и преобразуется в сигнал. При встраивании подряд сразу нескольких одинаковых нуклеотидов количество высвободившихся ионов пропорционально увеличивается. По силе сигнала судят о количестве встроившихся за один шаг одинаковых нуклеотидов. Таким образом, через микрочип в известной последовательности пропускают нуклеотиды и для каждой ячейки фиксируют количество встроившихся нуклеотидов по изменению pH.

Дополнительные аксессуары

Програмное обеспечение DNA Star Laser Gene 10 
Препаративный электрофорез Sage Pippin Prep для разделения фрагментов НК 
Система ультразвуковой фрагментации ДНК Diagenode BioRuptor 
Система автоматизированной подготовки шаблонов ABI Ion One Touch для секвенатора ABI Ion Torrent