Масс-спектрометрия MALDI (лазерная десорбции/ионизация в присутствии вспомогательного вещества – матрицы) позволяет решать комплексные задачи протеомики, дополняя имеющееся оборудование для жидкостной хромато-масс-спектрометрии. Прибор позволяет исследовать очень большие белки, до 300 кДа; использовать стандартный bottom-up подход, определяя значения масс пептидов после проведения специфического протеолиза; повышать достоверность идентификации белков, получая спектры фрагментации отдельных пептидов; использовать top-down подход для получения информации о C и N концевых остатках аминокислот интактного белка; выявлять пост-трансляционные модификации с определением их природы и места ковалентного связывания. Уникальной особенностью приборя является возможность использования метода MALDI молекулярной визуализации, который сразу был окрещён методом «молекулярной гистологии». Суть метода заключается в специальной подготовке среза изготовленного на криостатирующем микротоме для последующего его использования в МАЛДИ-массспектрометрии. Масс-спектрометр последовательно получает спектрограмму для каждой точки препарата (с разрещением до 50 мкм), которая отражает весь набор присутствующих в данной точке веществ, сохраняя, таким образом, информацию как о локализации биомаркера, так и о его природе.

 

прибор может быть использован для:

      • De-novo секвенирования белков используя bottom-up и top-down подходы

      • Ресеквенирования белков

      • Анализа сложных пептидных смесей

      • Анализа посттрансляционных изменений белков используя bottom-up и top-down подходы

      • Анализа чистоты олигонуклеотидов

     • Тканевой матрично-активированной лазерной десорбционно/ионизационной молекулярной визуализаций (MALDI-imaging)

      • Оценки липидома, в том числе и после разделения смеси методом тонкоплёночной хроматографии (TLC-MALDI)

      • Определения составляющих многокомпонентных смесей с использованием баз данных

      • Двухмерной нано-ВЭЖХ хроматографии - масс-спектрометрии (LC-MALDI) 

Размещение: петергофская площадка

Статус: эксплуатация в рабочем режиме

 bruker-ultraflextreme.jpg

Основные технические характеристики

• Тандемный времяпролетный масс-спектрометр с матричной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-TOF/TOF) 
• Режимы работы - линейный, отражательный, тандемный (TOF/TOF) 
• Режим лазерной (LID) и ударной (CID) диссоциации ионов. 
• Система напуска аргона в ячейку соударений для работы в режиме ударной диссоциации ионов (CID) 
• Возможность TOF/TOF-анализа фрагментов ионов, образующихся в результате распада ионов в источнике (ISD). 

Требования к образцам

Требования к образцам для идентификации белка по базам 

Образцы должны быть очищены и обессолены, например с использованием ZipTips C18 (для пептидов) и ZipTips C4 (для белков) 

При пробоподготовке следует избегать использование полимерных детергентов (Tween 20, Tween 80, Triton-X 100)

Следует избегать использования силанизированных пробирок (Low-bind tubes)

В случае самостоятельного протеолиза необходимо предоставить описания протеазы, которая использовалась в процессе пробоподготовки

В случае самостоятельного проведения протеолиза пятна из геля (in-gel digestion) необхоимо предоставить протокол отмывания от красителя (destaning) и "пустую пробу", приготовленную из пустого участка геля по тому же протоколу, что и образец.

Необходимо, чтобы исследуемый белок был из организма, имеющего полный сиквенс, представленный в базе SwissProt, NCBI 

Требования для top-down секвенирования белка 

Чистота белка в пробе должна быть выше 85%

Требования для TLC-MALDI

Требования для МАЛДИ-визуализации

Требования для LC-MALDI